ポケットモンスター -暗躍のアルクェイド-

各地の悪の組織が消滅して三年。
人々は平和にポケモンと暮らし新たな悪の組織が生まれることは考えていなかった。そして、この三年の間に新しい地方が発見され、人々はこの地方を『アルト地方』と名付ける。
ここでも新たなポケモントレーナーが次々と生まれて、アルト地方は活性化していった。
そんななか、アルト地方を中心に世界を支配しようとする悪の組織……その名も『アルクェイド』が、ある日自らの組織の力を見せようと町を襲撃する。

そして、偶然にも襲撃された日にポケモントレーナーとなった三人。
一人目は、誰でも優しく出来て少し気の弱い少年『ユウキ』
二人目は、正義感は強いがとても不器用な少年『ダイチ』
三人目は、クールだが過去にトラウマをもっている少年『フウタ』

まったく関わりのなかった三人。だが、世界を支配しようとしているアルクェイドの暗躍と共に三人はかかわりあい、一つの物語となっていく。