海軍軍人養成機関として1869年には海軍操練所が設立され（1870年に海軍兵学寮と改称）、1870年10月26日には海軍の兵式をイギリス式とすることが決定された。一方の陸軍はフランス式を採用した。
1871年に海軍は志願兵制を採用したが、翌1872年に徴兵令に制定された。

1872年7月にはイギリスからアーチボルド・ルシアス・ダグラスを団長とするダグラス教官団が来日、本格的な教育が開始されている。
海軍省設立の1872年時点で軍艦14隻（内装甲艦2隻）・輸送船3隻、総排水量13,832トンに過ぎなかった。海軍省は翌1873年に軍備増強計画を提出したが、陸軍の整備が優先されたため実現しなかった。

1873年1月9日、明治天皇が兵学寮に赴き艦船整列を閲し、海軍始めと定められる。海軍兵学寮は1876年に海軍兵学校と改称された（1888年に江田島に移転）。
1888年には上級士官の教育機関である海軍大学校が設立された。